Aunque el café llegó a Panamá en 1742 proveniente del Caribe, fue en la década de 1780-1790 que se registró el primer cultivar de Coffea arabica (Cultivar Typica), en Portobelo, provincia de Colón.
A mediados de 1850 se extendió su cultivo a áreas de mediana altura con mejores resultados; ya que Portobelo no era propicio para este cultivo. Varias familias de colonos comenzaron a sembrar café Typica en zonas de mayor altura y clima más templado en la provincia de Chiriquí, principalmente en Boquete. Estas primeras plantaciones se hicieron sin destruir la vegetación de las montañas, lo que contribuyó a su buena marcha y al carácter único y singular del café panameño. Con la construcción del canal francés, llegaron otras familias a asentarse en la zona, que conocían la importancia económica de este cultivo y lo impulsaron con mayor tecnología.
En las primeras décadas del siglo XX ya se producía café en diferentes puntos del país, y se exportaba a Alemania y Estados Unidos, donde era especialmente apreciado. Debido a circunstancias internacionales de la época, se deprimieron los precios y complicaron las exportaciones, por lo que el negocio del café se vio muy perjudicado. No fue hasta la década de 1960 que el café recobró su papel como producto comercial en Panamá.
En 1996 se fundó la Asociación de Café Especial de Panamá (SCAP). Tras su creación puso en marcha una campaña para promover la calidad en la producción de café y animar a los productores a buscar permanentemente una mejor taza. Se instauró también el concurso del Best of Panama (BOP), lo que permitió que el café panameño empezara a ser reconocido en el mercado internacional, en el segmento del Café de Especialidad, como uno de los mejores del mundo.
Desde 2014, los cafés especiales de Panamá han roto el récord de precio por libra cada año de forma consecutiva, mostrando el increíble crecimiento de la calidad del café panameño; y lo influyente que ha sido la variedad Geisha en este proceso, siendo actualmente el mejor café y el más caro del mundo. En 2021 Panamá impuso varios récords mundiales en una subasta electrónica de café de especialidad, el precio más alto por libra, el precio total jamás alcanzado por 49,93 quintales de café, el precio más alto pagado por un café tradicional y el precio promedio por libra más alto en la industria del café. En esta subasta el lote Nuguo Fermented, de la variedad Geisha en proceso natural, alcanzó el precio récord de $2,568.00 dólares por libra, vendido a la empresa japonesa Sasa Coffee.
Por su parte, el primer registro de Coffea canephora (Cultivar Robusta) se estableció en 1938 en la comunidad de Cuipo, área del Lago Gatún en la provincia de Colón.
