Es el término botánico para describir las formas y las selecciones de variedades de plantas de café; obtenidas, ya sea por la selección natural o a través de la producción selectiva (por los rasgos genéticos específicos); que resulta en subespecies genéticas distintas de las principales especies de café.

• Café arábica (Coffea arabica):

Las variedades tradicionales de arábica son Típica y Bourbón, quienes han dado origen a otras por medio de mutaciones naturales o por cruzamientos espontáneos e inducidos, como el Caturra, Mundo Novo, Catuaí, Pache, Villa Sarchí, Pacas, Maragogipe, etc. La estrecha base genética de todas ellas, no les permite tener tolerancia a plagas o resistencia a ciertas enfermedades, incluida la roya del cafeto (Hemileia vastatrix).

1. Typica: Originaria de Etiopía, anteriormente Abisinia.  De semillas o granos grandes de forma plana-convexa, de poca producción con relación a las variedades obtenidas recientemente, pero una calidad excelente en taza.  Es poco resistente a vientos fuertes y se produce mejor bajo sombra.  Su acidez depende en gran parte de la altitud a la que es cultivado, siendo mayor en zonas muy altas. Produce una taza equilibrada, dulce, de cuerpo medio, con sabor cítrico y floral, y tonos de chocolate con leche y caramelo. Esta variedad ha sido la base para desarrollar muchas otras variedades de café. En Panamá, es la variedad más antigua.
2. Bourbón: Su origen, la Isla Reunión, en la parte sur del continente africano. De poca altura, abundante follaje y color verde oscuro.  Sus granos son cortos y redondeados en sus extremos, más pequeños que la variedad Typica.  Es resistente a vientos fuertes y al sol, adaptable a cualquier altura, con mayor producción que la Typica.   El café en taza se caracteriza por tener una acidez media-alta con un cuerpo denso y con un sabor dulce, que lo hace un café muy equilibrado. Su calidad es muy buena, similar al Typica y al Geisha.
3. Geisha: Se caracteriza por un delicado sabor con toques florales y de frutas tropicales.  Se recolectó originalmente en Etiopía en la década de 1930, y llegó a América Central en 1953, al Centro Agronómico Tropical de Investigación y Enseñanza (CATIE), donde se registró como acceso T2722.   El CATIE lo distribuyó en todo Panamá en la década de 1960.
4. Geisha Panamá:  Los análisis de diversidad genética realizados por World Coffee Research confirman que la Geisha Panama, aunque descendientes de T2722, son distintas y uniformes.   Tiene una calidad excepcionalmente alta a gran altura y se asocia con una calidad de taza extremadamente alta. 
5. Caturra: Es una mutación de la variedad Bourbón, descubierta en Brasil a principios del siglo veinte. Produce frutos de color rojo y frutos amarillo, de maduración precoz; con alta capacidad de producción en condiciones óptimas. Requiere adecuado manejo, especialmente a lo que se refiere a la nutrición.  Se adapta mejor en el rango de 600 a 1,300 metros sobre el nivel mar. Tiene tolerancia a la sequía, viento y a la exposición del sol.   El café en taza se caracteriza por tener una acidez más baja con tonos cítricos a limón.
6. Mundo Novo: Originario de Brasil por cruzamiento natural con la variedad Typica, Progenie Sumatra, y la variedad Bourbón.   Arbusto robusto y de gran vigor y alto grado de productividad.  Sus frutos son semejantes a los de la variedad Typica.  Es más productiva en zonas altas; y es resistente a enfermedades.  Su sabor en taza no es dulce y más bien es un poco amargo.
7. Catuai: Es el resultado del cruzamiento artificial de las variedades Mundo Novo y Caturra, realizado en Brasil. Se adapta muy bien en rangos de 600 a 1,370 metros sobre el nivel del mar.  Produce frutos de color rojo y amarillo, de maduración tardía, y tamaño de grano mediano.  Tiene alta capacidad de producción y requiere un manejo adecuado,  especialmente lo que se refiere a la nutrición y control de plagas. Produce una excelente calidad en taza, con una acidez media con tonos cítricos.
8. Pacarama: es el resultado de un cruce de las variedades Pacas y Maragogype. Normalmente tiene aromas intensos y complejos, con cuerpo medio y textura cremosa.  Tiene una acidez moderada con sabores que pasan de dulces notas de chocolate y mantequilla a matices afrutados.
9. Java: El grano es muy parecido al Geisha y se caracteriza principalmente por su dulce aroma, baja acidez y sus notas a cítricos alimentado con notas de jugo de caña. Es de crecimiento rápido, de tamaño alto y grano grande, y resistente a enfermedades y hongos, por lo que exige menos fertilizantes.
10. Maragogype: Procedente de Bahía de Brasil, es una mutación proveniente de la variedad Typica. Arbusto de gran desarrollo y grandes hojas.  Los frutos son mucho más grandes que los de Typica. Es de poca producción e irregular, sensible a sequías.  De sabor agradable.
11. Catimor: Híbrido artificial obtenido del Timor y Caturra Rojo, originario de Oeiras Portugal, mediante cruzamiento efectuado en 1959.  Resistente a la Roya, los frutos y granos son semejantes a los de Caturra. 

• Café Robusta (Coffea canephora):

Originario del antiguo Congo belga y de los bosques tropicales de Uganda, en África. A partir de 1900 fue incrementando sus fronteras hasta llegar al sudeste asiático, y actualmente su cultivo está ampliamente difundido en zonas bajas, cálidas y muy húmedas, no aptas para el cultivo de café arábica.  Es un arbusto de entre 8 a 12 metros de altura, con un crecimiento vigoroso, de mayor productividad, y resistente a las inclemencias del tiempo y a las enfermedades. 

Las características organolépticas de la bebida son un tanto diferentes al arábico, ya que produce una infusión mucho más densa y fuerte, poco aromática y con mayor contenido de principios amargos y cafeína.  Sin embargo, son cada vez más apreciadas por los consumidores y para la fabricación de los cafés solubles.

Una vez molido, se suele combinar con otras tipologías; de forma similar a como ocurre con el chocolate puro y la variedad de porcentajes que se pueden encontrar en el mercado.  Se utilizan como una base en mezclas de café espresso, proporcionando un mayor cuerpo en el café; y facilita la preparación de la capa de espresso de cappuccino o latte, ya que favorece la formación de la capa de crema espumada superior. 

Aunque tiene un valor de mercado más accesible, tiene también cafés especiales, conocidos como Fine Robusta; con mayor valor y apreciación en el mercado mundial que el convencional. En este caso, la calidad se mide en función de todos los procesos que se realizan para llegar a ese grano y no sólo por su especie y variedad. 

Las plantas de Robusta se utilizan, además; como portainjerto de las variedades arábicas, debido a que tiene las condiciones genéticas para tolerar el ataque de nemátodos fitoparásitos que afectan las raíces de las plantas de café.